SKUARCH

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En ocaciones solo se requiere trabajar con un solo archivo, pero netbeans pone las dependencias en la carpeta lib dentro de la carpeta dist, para evitar esto vamos a poner la siguientes lineas en el archivo build.xml

<target name="package-for-store" depends="jar">

    <!-- Change the value of this property to be the name of your JAR,
    minus the .jar extension. It should not have spaces.
    <property name="store.jar.name" value="ssc"/>
    -->
    <property name="store.jar.name" value="ElNombreDeTuJar"/>

    <!-- don't edit below this line -->
    <property name="store.dir" value="store"/>
    <property name="store.jar" value="${store.dir}/${store.jar.name}.jar"/>

    <echo message="Packaging ${application.title} into a single JAR at ${store.jar}"/>

    <delete dir="${store.dir}"/>
    <mkdir dir="${store.dir}"/>

    <jar destfile="${store.dir}/temp_final.jar" filesetmanifest="skip">
    <zipgroupfileset dir="dist" includes="*.jar"/>
    <zipgroupfileset dir="dist/lib" includes="*.jar"/>

    <manifest>
    <attribute name="Main-Class" value="${main.class}"/>
    </manifest>
    </jar>

    <zip destfile="${store.jar}">
    <zipfileset src="${store.dir}/temp_final.jar"
    excludes="META-INF/*.SF, META-INF/*.DSA, META-INF/*.RSA"/>
    </zip>

    <delete file="${store.dir}/temp_final.jar"/>

</target>

Solo debes de editar esta linea

<property name="store.jar.name" value="ElNombreDeTuJar"/>

Solo remplaza ElNombreDeTuJar por el verdadero nombre del .jar, despues en la pestaña de files da click derecho en el archivo build.xml y en las opciones run target >> others target selecionas la opcion package-for-store y con eso obtienes todo en un solo jar